Um mal auf deine Fragen einzugehen:
1. Ja, bei der Ditupa APP sollte man alle Stage 2 (oder Stage 2+) nur mit LLK fahren. Ausnahme ist hier der 550d, weil es da wohl keinen LLK gibt (vielleicht schon so gut genug).
2. Bei der APP wird sowohl Getriebe als auch Motorsoftware angepasst. Hier ist eher das Getriebe wichtig, da dort Drehmomentbegrenzer drin sind. Hier ist bei vielen "Tunern" der Pfusch, das die Getriebesoftware nicht angepasst wird (passt schon so, jaja). Wenn man aber keine Lust auf die Ditupa Getriebesoftware hat, kann man theoretisch auch xHp nehmen. Kostet aber wieder Geld. Die Getriebesoftware ist im Tuningpreis dabei.
3. Sinnvoll ist der LLK aufjedenfall. Er hat nur ein Problem: Er hat keine ABE. Im Zweifel, kanns also teuer werden, und/oder stillegung. Meiner Meinung nach aber vernachlässigbar, da der eh nicht auffällt. Bei einem Unfall, auch wenn du Verursacher bist, wird dir nicht unbedingt der LLK zum Verhängnis. Die Software ist auch drauf, und kann - je nach Zustand des Wagens - ausgelesen werden. Damit auch ohne LLK Betriebserlaubnis erloschen. Ich habe den LLK bei einer Aktion recht "günstig" für 870 Euro bekommen. Der ist von Wagner. Einbauen habe ich ihn von einem Bekannten. Denke in der Werkstatt kostet das zwischen 100 - 200 Euro.
4. Überlastung/Mehrverschleiß, etc. : Nein, da die Bauteileschutzkennfelder alle noch vorhanden sind, oder teilweise sogar strenger bedatet als bei BMW selbst. Da sollte normalerweise nicht viel passieren. Was man NICHT machen sollte: Dauerhaft vmax fahren. Denn der Diesel kann sich nicht innermotorisch kühlen. Man kann das aber mit dem LLK schon stark verbessern.
5.Der 550d ist mit seinen Innereien für über 500 PS ausgelegt. Das heißt, BMW hat hier die "safe" Variante genommen, und gar nicht das ganze Potential des Motors ausgenutzt.
Fazit: Der 40d Motor wird von der Leistung her zum 50d, mit weniger als 2.000 Euro an Ausgaben. Bauteileschutz, etc. ist aber noch vorhanden. Das Auto läuft wie von Werk, nur eben etwas "kräftiger".